Vĩnh Long có nhiều sông rạch chảy trong lòng thành phố. Thời gian qua, mặc dù có sự quan tâm đầu tư cải tạo, nhưng hiện tại nhiều sông rạch nơi đây bị ô nhiễm nặng. Trong đó, đáng chú ý là con rạch Cá Trê dài gần 2.600 mét, thuộc phường 3 và phường 4, thành phố Vĩnh Long.