Vĩnh Long có nhiều sông rạch chảy trong lòng thành phố. Thời gian qua, mặc dù có sự quan tâm đầu tư cải tạo, nhưng hiện tại nhiều sông rạch nơi đây bị ô nhiễm nặng. Trong đó, đáng chú ý là con rạch Cá Trê dài gần 2.600 mét, thuộc phường 3 và phường 4, thành phố Vĩnh Long.

Nước là nhu cầu không thể thiếu trong đời sống. Ở đô thị thì nước sinh hoạt được cung cấp bởi công ty cấp nước nên người dân an tâm sử dụng. Riêng ở nông thôn còn tới 58% hộ dân vẫn phải sử dụng nước từ kênh rạch. Trong khi nguồn nước này đang bị ô nhiễm trầm trọng.