Song song với giao thông đường bộ thì việc phát triển giao thông đường thủy cũng được chú trọng. Tuy có tiềm năng to lớn song giao thông đường thủy vẫn còn tồn tại những khó khăn. Điển hình như ở Cà Mau – một trong những địa phươngcó hệ thống sông ngòi chằng chịt nhất cả nước – người dân vẫn còn chủ quan với an toàn giao thông đường thủy, đặc biệt là trong mùa mưa bão.