Các khối đá dính sát với nhau, được đẽo từ đất đỏ (đá ong), tức là một loại đất xốp mềm, đầy chất sắt, trở nên cứng khi phô ra trong không khí. Khi Fletcher và Pottier tìm thấy lần đầu tiên một phần của cấu trúc cách nay vài năm, họ nghĩ đó là các phần còn lại của một cửa cống nhỏ.

Ông nói : "Nó trở nên một quái vật". Các khối đá là tàn tích của một đường thoát nước xuyên qua một cái đập nằm nghiêng mà chiều dài có thể kéo ra bằng một sân chơi football. Khoảng cuối thế kỷ thứ IX, với việc nở rộ của Angkor, các kỹ sư đào một con kinh dài để thay đổi dòng chảy của sông Siem Reap, tái định hướng nó chảy về hướng Nam, đổ vào hồ Đông mới được xây cất – một hồ chứa nước lớn gần bằng như hồ Tây. Cái đập – vị trí đặt ở sông – chuyển hướng nước để cung cấp cho kinh. Nhưng có lẽ, một phần của cấu trúc đồ sộ này cũng vận hành như là một đường thoát nước khi gió mùa nổi lên, tức là khi mà nước sẽ phủ ngập cấu trúc thấp và chảy xuống đường sông trước đây.

Các đổ nát của đường thoát nước là một bằng cớ quan trọng đối với một cuộc chiến đấu hào hùng, bộc lộ sự kiện nhiều thế hệ kỹ sư Khmer đã ứng phó với một hệ thống nước trở nên phức tạp và bất quy củ hơn. Fletcher nói : "Có thể, họ đã bỏ một phần rất lớn đời sống của họ để tu sửa nó". Vài khối đá của đập nằm lộn xộn, đại bộ phận của nền hồ bị mất đi. Fletcher nói : "Sự giải thích hợp lý nhất là đập đã thất bại". Có lẽ, con sông đã ăn vào đập, dần dần làm nó suy yếu. Có thể, nó bị cuốn trôi đi bởi một vụ lũ lụt hồng thủy bất thường – loại lũ lụt xuất hiện mỗi một thế kỷ hay ngay cả mỗi 500 năm. Sau đó, người Khmer phá tung công trình đá còn sót lại, để dành các khối đá cho mục đích khác.

Một bằng chứng khác về việc thất bại của hệ thống nước, xuất phát từ một cái ao ở đền Tây Mebon, một ngôi đền trên đảo, ở giữa hồ Tây. Hạt phấn hoa bảo tồn trong đất vụn cho thấy hoa sen và các thực vật sống trong nuớc khác đã phát triển mạnh mẽ trong hồ mãi cho đến đầu thế kỷ thứ XIII. Rồi một loại phấn hoa mới xuất hiện, từ những chủng loại như dương xỉ ưa chuộng sình lầy hay đất khô. Ngay vào điểm cực thịnh của Angkor, một trong các hồ chứa nước của nó hiển nhiên có lúc bị khô cạn. Daniel Penny – một chuyên viên về hạt phấn hoa và là đồng giám đốc của Dự án Angkor Vĩ đại hơn – nói : "Một điều nào đó đã sai lầm sớm hơn rất nhiều khoảng thời gian mà chúng tôi dự kiến".

Bất cứ hư hỏng nào của công trình nước sẽ khiến Angkor dễ bị tổn thương do hiện tượng tự nhiên mà không có người kỹ sư nào vào thời đó có thể tiên liệu. Bắt đầu vào những năm 1300, Âu châu chịu đựng một vài thế kỷ có khí hậu bất khả tiên đoán, đánh dấu bởi các mùa đông khắc nghiệt và mùa hè lạnh lẽo. Cho đến gần đây, chỉ có các tin tức sơ sài về các phần khác của thế giới đã biểu hiện như thế nào trong thời kỳ đó, được gọi là Thời kỳ băng tuyết nhỏ. Rõ ràng là Đông Nam Á châu cũng trải qua biến động đột ngột về khí hậu.

Chung quanh Angkor, vụ gió mùa mùa hè kéo dài từ khoảng tháng 5 cho tới tháng 10 và cung cấp gần 90% lượng nước mưa hàng năm cho khu vực. Một vụ gió mùa đều đặn là tối quan trọng cho mọi hình thức đời sống, kể cả cho con người. Để lật ra những khuôn mẫu gió mùa của thời xưa, Brendan Buckley thuộc Đài Thiên văn Địa cầu Lamont-Doherty tại Palisades – New York, mạo hiểm đi vào những cánh rừng Đông Nam Á châu để tìm kiếm những loại cây có những vành tròn tăng trưởng mỗi năm. Ông và đội của ông biết sẽ không dễ dàng : hầu hết các chủng vật tại khu vực này khiếm khuyết những vành tròn tăng trưởng có thể phân biệt được hoặc có những cây không sinh vành từ năm này qua năm nọ. Vài vụ tàn phá cho kết quả tốt với các chủng loại sống lâu, bao gồm cây gỗ teak và po-mu, một loại cây bách hiếm. Vài cây po-mu mà họ lập danh mục đã sống tới 9 thế kỷ, sống sót qua cả hai thời kỳ cực thịnh và tan rã của Angkor.

Những cây po-mu kể lại một câu chuyện đáng kinh ngạc. Các bộ vành tròn tăng trưởng bị thu hẹp lại cho thấy rằng, cây đã chịu đựng những vụ hạn hán cực lớn, lặp đi lặp lại, từ năm 1362 đến năm 1392 và từ năm 1415 đến năm 1440. Trong các thời kỳ này, vụ gió mùa bị yếu hoặc trì hoãn, và có vài năm, có lẽ vụ gió mùa hoàn toàn không xảy ra. Trong những năm khác, những vụ gió mùa cực lớn tập kích khu vực này.

Đối với một vương quốc chao đảo thì tình huống khí hậu thái quá có thể đã là một phát súng ân huệ. Hàng nhiều thập niên trước, các công trình nước của Angkor vốn đã bệnh hoạn, phán xét từ hồ Tây không vận hành. Penny nói : "Chúng tôi không biết tại sao hệ thống nước vận hành dưới khả năng của nó – đó là một nan đề. Nhưng điều đó có nghĩa là Angkor thực sự không có dư mỡ để đốt. Thành phố bị phơi ra cho sự đe dọa hạn hán nhiều hơn bất cứ thời kỳ nào trong lịch sử". Những vụ hạn hán kéo dài và nghiêm trọng, thỉnh thoảng bị mưa như thác đổ, Fletcher nói : "sẽ hủy hoại hệ thống nước".

Tuy nhiên, Penny nói : "Chúng tôi không nói rằng địa điểm này trở thành sa mạc". Dân chúng tại vùng đồng bằng đất lụt Tonle Sap – ở hướng Nam của những đền miếu chính – sẽ được che chở từ những hậu quả tệ hại nhất. Hồ Tonle Sap được nuôi dưỡng bởi sông Mekong, có thượng nguồn ở những cánh đồng băng tuyết tại Tây Tạng, sẽ hầu như không bị ảnh hưởng bởi sự thay đổi của vụ gió mùa. Nhưng các kỹ sư Khmer – với kỹ năng như họ có – không thể làm giảm bớt điều kiện khô cằn ở phía Bắc bằng cách dời nước hồ Tonle Sap áp vào đất đai. Trọng lực là cái bơm duy nhất của họ.

Nếu cư dân vùng phía Bắc Angkor bị đói trong khi các phía khác của thành phố tích trữ gạo thì khung cảnh này sẽ tạo nên lo âu nghiêm trọng. Nhân chủng gia Michael Coethe thuộc Đại học Yales nói : "Khi dân số tại các nước nhiệt đới vượt quá khả năng cưu mang của đất đai thì phiền nhiễu thực sự sẽ bắt đầu. Điều này tất nhiên dẫn đến sụp đổ về văn hóa". Một quân đội bị kém dinh dưỡng, bị bận tâm bận trí vì xung đột nội bộ, sẽ phơi bày thành phố ra cho bị tấn công. Thực vậy, sự xâm lăng của Ayutthaya và trục xuất vua Khmer đã xảy ra vào lúc gần cuối vụ hạn hán cực lớn lần thứ nhì.

Fletcher nói : "Cộng thêm vào những vụ lộn xộn về khí hậu là các phong trào chuyển đổi về tôn giáo và chính trị vốn đã đang nện mạnh vương quốc, và số phận của Angkor đã được khẳng định. Thế giới chung quanh Angkor đang thay đổi. Xã hội đang tiến triển. Sẽ là một ngạc nhiên nếu như Angkor tồn tại được".

Đế quốc Khmer không phải là nền văn minh đầu tiên bị tai họa khí hậu đánh ngã. Nhiều thế kỷ trước, trong khi Angkor vươn lên thì ở một nửa vòng trái đất, một tổn thất tương tự – liên quan đến sự thăng bằng môi trường – đã nện búa vào các thành phố tại Mexico và Trung Mỹ. Ngày nay, nhiều học giả tin rằng, Maya bị ngã sụm vì thặng dư dân số và vì sự thoái hóa môi trường, tiếp theo sau một loạt ba vụ hạn hán tàn bạo vào thế kỷ thứ IX. Coe – người đầu tiên vào thập niên 1950 đã nhận thức rất rõ những điểm tương đồng giữa hai nền văn minh Khmer và Maya – nói : "Một cách tất yếu, điều tương tự như vậy đã xảy ra cho Angkor".

Có lẽ các xã hội hiện đại cần chuẩn bị cho những thử thách khí hậu. Theo Buckley, phát lảy cò súng tương tự như những vụ hạn hán cực lớn của Angkor hầu chắc là
El Niño kịch liệt và dai dẳng đang hâm nóng mặt nước ở vùng trung tâm và nhiệt đới phía Đông của Thái Bình dương. Các khoa học gia tranh luận sự thay đổi khí hậu do con người gây ra sẽ hay không sẽ dẫn đến các El Niños rõ rệt, nhưng các vành cây ở Việt Nam cho thấy, ngay cả những dao động tự nhiên ở Thái Bình dương cũng có thể phát ra tai họa.