Tổ chức bộ máy bên trong bộ, cơ quan ngang bộ còn nhiều đầu mối. Số đơn vị hành chính trực thuộc tăng, dẫn đến tăng biên chế, tăng số người giữ chức vụ lãnh đạo, tăng tầng nấc trung gian. Đó là những vấn đề được các đại biểu Quốc Hội quan tâm trong phiên  thảo luận về cải cách tổ chức bộ máy hành chính nhà nước