Trong năm 2009, Chi cục Bảo vệ Môi trường đã bố trí 55 điểm giám sát nước mặt với tần suất 3 lần/năm và mỗi điểm phân tích 11 thông số ô nhiễm. So với quy chuẩn kỹ thuật quốc gia về chất lượng nước mặt dùng cho mục đích cấp nước sinh hoạt, mức độ ô nhiễm của các con sông thuộc vùng nông thôn, gần khu công nghiệp và nội đồng khá cao với nồng độ trung bình của các thông số chất rắn lơ lửng, sắt, amoni và vi sinh vượt quy chuẩn cho phép từ 1,4 – 14,23 lần”.

Theo kết quả giám sát nước mặt của Chi cục Bảo vệ Môi trường, mức độ ô nhiễm của nước mặt trên các sông rạch trong tỉnh đang có xu hướng tăng nhanh. Riêng kết quả phân tích 17 mẫu nước mặt mới đây tại các sông, rạch gần các vùng sản xuất rau, lúa và trên sông Tiền, sông Hậu, Chi cục Bảo vệ Môi trường phát hiện dư lượng hóa chất bảo vệ thực vật trong nước có nồng độ từ 0,11 đến 0,19 mirôgam/lít. Đây là những con số đáng báo động.

Nguyên nhân gây ô nhiễm nguồn nước mặt là do sự thiếu ý thức của con người trong các hoạt động sinh hoạt, nước thải tại các cơ sở sản xuất kinh doanh, hoạt động của các cơ sở y tế do không được xử lý hoặc xử lý không đạt thải trực tiếp ra sông, rạch, nước thải từ các cống thoát nước đô thị và chất thải từ các hoạt động sản xuất nông nghiệp.