Một sự cố đã xảy ra trong ngày thi thứ 2 ở khu vực thi TP.HCM, đó là có đến 3 điểm thi thiếu mã đề thi, làm ảnh hưởng đến thời gian làm bài của thí sinh. Trong đó, tại điểm thi Trường THPT Trần Khai Nguyên, nhiều thí sinh bị trễ 30 phút so với thời gian làm bài theo quy định. Trước sự việc này, Sở Giáo dục và Đào tạo TP.HCM cũng đã lên tiếng xin lỗi trong buổi họp báo diễn ra vào chiều qua (26/6).