Hội đồng Điều phối vùng Đông Nam Bộ được thành lập theo Quyết định của Thủ tướng Chính phủ, là tổ chức phối hợp liên ngành, thực hiện chức năng giúp Thủ tướng nghiên cứu, chỉ đạo, điều phối, giải quyết những công việc quan trọng, liên ngành về liên kết vùng, phát triển bền vững vùng.