Trung tâm được thành lập dựa trên nền tảng của Vườn ươm Khởi nghiệp Đổi mới sáng tạo Mekong, đã hoạt động từ  cuối năm 2022, có nhiệm vụ nghiên cứu, cố vấn, đào tạo về đổi mới sáng tạo, ứng dụng công nghệ, thương mại hóa sản phẩm, ươm tạo khởi nghiệp, đổi mới sáng tạo tại ĐBSCL. Qua đó lan tỏa tri thức, thúc đẩy và phát triển hệ sinh thái khởi nghiệp khu vực này.