Nguyên liệu chính để chế biến bún nước lèo rất đơn giản: cá lóc, ngãi bún, các gia vị sả, ớt… và tất nhiên không thể thiếu mắm bò hóc.

Mắm bò hóc làm từ cá. Cá được ngâm nước một đêm, sau đó trộn với muối, cơm nguội, dằn kín, để khoảng ba tháng là có thể dùng được. Đây là một loại mắm rất ngon của người Khmer, vừa có vị ngọt của cá đồng lại thêm vị béo, bùi của cơm nguội.

Nồi nước lèo được cho mắm vào theo tỷ lệ vừa đủ, nấu lửa liu riu cho đến khi mắm rã thịt, lọc bỏ bã thì cho thêm sả, ớt để khử mùi tanh của mắm, cuối cùng cho gia vị vào, nêm nếm vừa ăn. Những người kỹ tính còn cho vào nồi nước lèo một chút nước dừa xiêm thay cho đường.

Món ăn này còn được gọi là bún nước ngãi, bởi trong thành phần chế biến không thể thiếu củ ngãi bún – một loại gia vị gần giống như riềng nhưng có mùi thơm và hương vị rất đặc trưng.

Bún nước lèo vốn là món dân dã của người nhà quê nên món ăn chủ lực đi kèm thường chỉ có cá lóc. Cá được làm sạch, nấu chín, vớt ra lọc lấy thịt giã nhuyễn. Nồi bún nước lèo ngon phải có nước trong, thơm lừng mùi mắm, quyện với ngãi bún và ngọt lịm vị cá đồng.

Ở mỗi địa phương, cách nấu bún nước lèo cũng có nhiều “biến thể”. Đôi khi người ta cho thêm vào tô bún vài con tép, thịt heo quay, thịt ba rọi, cặp trứng hoặc ruột cá lóc để ăn lấy no. Nhưng tất cả những thứ ấy chỉ là phụ, bởi vì phần đặc sắc nhất nằm ở cái ngon của nước lèo đã thấm vào từng sợi bún.

Khi ăn, người ta cho bún vào tô kèm với các loại rau rồi chan nước lèo, thêm miếng chanh và một chút muối ớt (nếu nêm nước mắm tô bún sẽ bị chua). Rau dùng cho bún nước lèo cũng rất đa dạng trong đó không thể thiếu giá, bắp chuối, bông súng, rau diếp cá, rau răm, húng lũi, hẹ (ngon nhất là hẹ hương).

Bún nước lèo là một món giàu đạm nhưng rất ít dầu mỡ, lại có nhiều chất xơ từ rau ăn kèm. Muốn có tô bún ngon phải dùng bún làm từ gạo dẻo, tốt nhất là gạo mùa. Bún nên ăn khi còn nóng để tránh mùi tanh của mắm và cá. Người dân vùng quê Nam bộ hiện nay vẫn còn giữ thói quen nấu bún nước lèo bằng nồi đất vì bún sẽ có vị ngon hơn và lâu nguội hơn so với nấu trong các loại xoong nhôm hiện đại.