Tuy nhiên, các đại biểu cũng đã nêu một số hạn chế trong thực hiện nhiệm vụ kinh tế-xã hội năm 2009 như, mức bội chi ngân sách cao trong nhiều năm trở lại đây, nợ chính phủ tăng cao; tăng trưởng tín dụng khá nhanh (9 tháng tăng 29%) đã gây sức ép tăng lãi suất, dẫn đến hệ quả là tăng chi phí vốn, làm tăng giá thành sản xuất, đồng thời, làm cho việc huy động vốn trái phiếu Chính phủ gặp nhiều khó khăn. Tổng mức đầu tư toàn xã hội bằng 42,2% GDP (kế hoạch là 39,5% GDP), trong khi tốc độ tăng trưởng sụt giảm chỉ còn khoảng 5,2%, chỉ số ICOR tăng lên trên 8 so với mức 6,66 của năm 2008. Dự báo năm 2009, có 7 chỉ tiêu không đạt kế hoạch gồm tổng kim ngạch xuất khẩu; việc làm, tốc độ tăng tuyển mới đại học, cao đẳng, trung cấp chuyên nghiệp. Đây là những chỉ tiêu sẽ ảnh hưởng trực tiếp đến tăng trưởng và phát triển trong các năm sau.

Nhiều ý kiến của đại biểu cũng cho thấy, công tác quản lý xây dựng cơ bản và việc giải ngân các nguồn vốn đầu tư chậm vẫn là điểm hạn chế, trong đó, vốn đầu tư ngân sách nhà nước 9 tháng ước đạt 67% gồm vốn do địa phương quản lý đạt 63%, một số địa phương có kết quả giải ngân thấp, có nơi mới đạt 50%.

Ngoài ra, mặc dù tỷ lệ hộ nghèo đã giảm xuống còn 11% trong năm 2009, nhưng kết quả này chưa thật bền vững. Tốc độ giảm nghèo giữa các vùng còn chênh lệch lớn; miền núi, vùng cao, vùng sâu, vùng đồng bào dân tộc tỷ lệ nghèo còn cao. Đời sống nhân dân nhất là đồng bào dân tộc còn nhiều khó khăn…