Với mục tiêu trở thành một trong những doanh nghiệp top đầu của cả nước về sản xuất dược phẩm và dụng cụ y tế và hướng đến tổng doanh thu đạt 1.000 tỷ đồng/năm, ngoài việc chú trọng việc đào tạo nâng cao nguồn nhân lực và trang bị thêm các thiết bị, dây chuyền sản xuất có công nghệ hiện đại để nâng cao chất lượng sản phẩm, Công ty cổ phần Dược phẩm Cửu Long còn đầu tư xây dựng mở rộng nhà xưởng để nâng cao năng lực sản xuất. Trong năm 2009, doanh nghiệp đã đầu tư trên 234 tỷ đồng để xây dựng nhà máy sản xuất viên nang Capsul II và nhà máy sản xuất kháng sinh thế hệ mới.

Dự kiến, hai nhà máy này sẽ chính thức đi vào hoạt động trong tháng 12/2009. Cùng với việc đa dạng hoá các sản phẩm trên thị trường, hàng năm, hai nhà máy này sẽ tạo điều kiện cho doanh nghiệp tăng doanh thu trên 500 tỷ đồng.